제16대 중앙종회의 가장 큰 사건은 전 총무원장 설정스님을 불신임한 것이었다. ‘총무원장 불신임 결의의 건’이 상정된 제211회 임시회에서는 안건 상정을 두고 갑론을박이 오고갔지만, 조속히 혼란을 잠재워야 한다는 쪽에 무게가 실렸다. 결과는 찬성이 56표, 반대가 14표, 기권이 4표, 무효가 1표였다. 16대 중앙종회는 종단 초유의 위기 상황에서 종헌종법이 정한 절차와 규정에 따라 전 총무원장 스님에 대한 불신임 결의안을 처리하며 종단 안팎의 혼란을 최소화하기 위해 노력했다.당시 이러한 종회 운영은 차기 총무원장 선거와 새 집행부